サンダーを撮るには、ピカチュウをサンダーのところまで引き寄せてから笛を吹くという作業が必要なので 扉が開いた瞬間からりんごで卵に近づけておきましょう。
ある程度近づいたら笛を吹いてサンダーを復活させるのですが、 そうこうしてる内にゼロワン号が進んでしまうので減速が必要になります。